Die Akademie für Psychotherapie und Seelsorge wurde im September 2000 als Verein gegründet. Nachdem in der Schweiz schon drei internationale Kongresse für Psychotherapie und Seelsorge stattgefunden hatten, baten die bisherigen Veranstalter die leitenden Ärzte der deutschen christlichen Psychotherapiekliniken Hohe Mark, Elbingerode und de’ignis, die Organisation des nächsten Kongresses zu übernehmen.

Schnell stellte sich heraus, dass der Zugang zu Räumen, geordneter Umgang mit Spenden und vieles mehr in Deutschland auf Vereinsbasis besser organisiert werden kann.

Repräsentanten verschiedener seelsorgerlich tätiger Organisationen wurden hinzugezogen. In einem gemeinsamen Denk- und Gebetsprozess entstand der Entwurf einer kontinuierlich arbeitenden „Akademie für Psychotherapie und Seelsorge".

Durch die Kongresse in Marburg und Würzburg, zahlreiche Regional- und Jahrestagungen, Veröffentlichungen, die Zeitschrift „P & S – Magazin für Psychotherapie und Seelsorge", sowie vor allem durch eine große Zahl guter Begegnungen wurde die APS seit langem auf vielen Ebenen zur erlebbaren Wirklichkeit.

Für die Kongressarbeit und für die Zeitschrift der APS wurde jeweils ein Fachbeirat gegründet, in dem die Leiter zahlreicher Organisationen, die seelsorgerlich und therapeutisch tätig sind, mitwirken.